Simpatizante y miembro activo del Partido Acción Nacional (PAN) desde 1997. Guillermo Vega Guerrero, ha sido Diputado Local en dos periodos: de 2012 a 2015 y desde 2021 hasta la actualidad. Ejerció como Presidente Municipal de San Juan del Río de 2015 a 2021, convirtiéndose en el primer Presidente Municipal reelecto en Querétaro. Lleva 27 años vinculado al Partido Acción Nacional.
Actualmente, Guillermo Vega Guerrero, es el nuevo coordinador del Grupo Parlamentario del PAN en la LXI Legislatura.